吾郎想在圣秀建立一个棒球社打败海堂，但是圣秀高中从几年才从女校改成男女合校，所以学校男生人数根本不到十个，在吾郎好说歹说下，大家终於愿意加入棒球社，在吾郎的爸爸茂野的训练下，打算在3年级时参加比赛，但在一次因缘际会下，球队监督连络到了海堂的2军，於是他们之间开始了一场练习赛，江头在比赛中故意指使一个球员踩伤吾郎的脚，害的吾郎在县内比赛开始时以负伤的情况参加，一路努力终於打到了县内决赛，圣秀V.S海堂，但因为吾郎的伤势，在经过长时间的延长赛后，吾郎也因为体力不支最后以投手犯规，海堂获胜结束了比赛，比赛后江头也因为命人踩伤吾郎的事情被发现而被革职。

2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（PokémonDiamond&Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。《神奇宝贝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。