知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…同一災難引發了另一場悲劇：一位母親身受重傷而全身癱瘓，為了不拖累子女，她找來有「死神化身」之稱的奇利柯醫生以求安樂死。另一方面，他的孩子為了救母親，日以繼夜打工存錢，希望黑傑克為母親動手術。看著他們的身影，黑傑克不自覺想起自身的遭遇…兩位醫師，一位要致死，一位要救命，就在秘密之島「伊卡洛斯島」上，黑傑克與奇利柯將展開一場生死攸關的衝擊性對決。爆炸事件的內幕為何？系列史上的最大危機，正一步步向這位天才外科醫生逼近！

根据手冢治虫在漫画中的设定，阿童木的生日在2003年4月7日。所以，在2003年4月，富士电视开始播放第三度重制的电视动画《自动机器人·铁臂阿童木》(アストロボー·鉄腕アトム)。

出生在通灵世家的麻仓叶（佐藤佑子配音），从小就被爷爷教导成为了一名通灵人。通灵人，即可以和神、精灵乃至往生者自由沟通，且借由这些神灵的能力来治疗或是破坏。这种能力被很多人所渴望拥有。从爷爷那，叶得知如果能从通灵王大赛中脱颖而出并胜出，即能得到精灵王，从而实现自己的任何愿望。一直信奉“船到桥头自然直”的叶也立下了志愿，朝着通灵王之路前进。为了寻找自己的持有灵，叶转学来到了踏张之丘，认识了小山田万太（犬山犬子配音），并迅速和他成为了朋友。后又结识了同样志向成为通灵王的木刀之龙（田中正彦配音）。因一次意外，叶得到了他的持有灵——600年前的武士阿弥陀丸（小西克幸配音）。因而正式踏上了通力王之路。随后叶的未婚妻恐山安娜（林原惠美配音）等也悉数登场。通灵王比赛也日渐来临……

内详

年幼的爱力克兄弟十分思念去世的母亲，不惜触犯炼金术中最大的禁忌，进行了人体炼成。可是炼成失败了，哥哥爱德华失去了左腿与右臂，弟弟阿尔冯斯失去了肉体，只能把灵魂附身在一副铠甲上。为了偿还他们自己的罪，找回失去的一切，兄弟二人踏上了寻找传说中的“贤者之石”的旅程。几年后，一位右臂与左腿都是由“机械铠甲”替代的国家炼金术士出现在人们的眼前，他被称作“钢之炼金术师”。