近未来某一年，地球爆发毁灭性极大的致命病毒，从而导致全球超过半数的人口死亡。一望无际的茫茫大海，似乎成为病毒无法涉足的神域，而汤姆·坎德勒船长（埃里克·迪恩EricDane饰）所统领的阿利·伯克级驱逐舰导弹驱逐舰“内森-詹姆斯”号，则成为天罚过后漫无目的漂流并等待赦免的诺亚方舟。为了保存有生力量，同时确保船上的两名滤过性病原体学者研制出抗毒解药，坎德勒船长违抗了美国临时政府的召唤，带着船员踏上漫漫征途。然而一路上凶险倍至，为了补给和疫苗，他们不得不停靠港口和陆地，除此之外更有他国的船舰试图抢夺解药。更可怕的是，绝望和恐慌也在船员间蔓延。看不到未来的旅程，何日才是尽头……本片根据同名小说改编。

男孩托马斯（迪伦·欧布莱恩DylanO’Brien饰）在电梯中醒来，奇怪的是他除了名字之外什么都记不得。当电梯打开，他来到了一个陌生的地方“林间空地”。这里四周被高大的石头墙包围着，墙内住着许多男孩，有纽特（托马斯·桑斯特ThomasSangster饰）、查克（布雷克·库珀BlakeCooper饰）、米诺（李基弘KiHongLee饰）等人，他们都被困在迷宫里，而墙外还有一群巨大的怪兽威胁着。一天，电梯为他们送来了一个女孩特雷莎（卡雅·斯考达里奥KayaScodelario饰），她是来这里的第一个女孩。此后，迷宫逐渐开始发生变化，一切都陷入了混乱中，托马斯和特雷莎决定一起走上破解迷宫之路，找出迷宫背后令人不寒而栗的秘密。影片改编自詹姆斯·达什纳撰写的同名反乌托邦科幻小说三部曲的第一本。