宇宙移民与宇宙战争的历史—宇宙世纪终结后，时光飞逝，人们迎来新的历史RegildCentury(R.C.)，并开始了繁荣与和平的生活。RC1014年，耸立大地连接地球和宇宙的轨道天梯CapitalTower(首都塔)，从宇宙中为人类带来作为地球能量之源的PhotonBattery，故被视为是圣地。其守护组织CapitalGuard候补生贝尔利·杰纳姆在初次飞行的时候遭到所属不明MSG-SELF的攻击。贝尔利使用维修检查用MS与其交战并成功捕获。然而贝尔利对G-SELF的驾驶者，名为アイーダ・レイハントン的宇宙海贼少女产生了某种感觉。不满足特定条件便不会启动的G-SELF对贝尔利产生了某种反应。宇宙海贼和アイーダ的目的、被G-SELF选中的贝尔利的命运、令RC全体动摇的真相——这一切只不过是Reconguista的开始。

堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一配音）和他的战友次元大介（小林清志配音）、石川五卫门（浪川大辅配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南配音）。在此之后，鲁邦高调寄出预告书，扬言要盗取某银行内的稀世珍宝樱桃蓝宝石，为此国际刑警组织（ICPO）的鲁邦三世专门搜查官钱形幸一警部（山寺宏一配音）与目暮警官（茶风林配音）为代表的日本警视厅通力配合，决心给大盗迎头痛击。另一方面，意大利偶像歌手艾米里翁·瓦力迪（入野自由配音）赴日卡演唱会，但威胁杀害偶像的恐吓信也随之而来。人声鼎沸的演唱会会场，史无前例的对决拉开序幕……