有一天，馬古路星人及孿生怪獸來襲地球。當時身任地球防衛隊MAC的隊長諸星團，立即變身為賽文奧特曼迎戰。但不敵，幸得雷歐奧特曼現身相助，才合力把怪獸趕走。在此戰役中，諸星團因傷重而瘸腿，且損壞了奧特眼鏡，便再不能夠變身成賽文了。因此，他誠邀鳳源（雷歐奧特曼）加入MAC，並委以保衛地球的重任。

本作承接《奥特银河格斗2：巨大阴谋》，讲述奥特英雄们与阿布索留特人之间惊动银河的命运之战。同时新的奥特战士——雷古洛思奥特曼和阿布索留特人的战士——迪亚波罗亦将登场。