柴木耕太（高桥信配音）是一位非常平凡的男子高中生，性格木讷的他向来就没有什么女生缘，一直过着形单影只的生活。一次偶然中，耕太得到了一本魔导书，通过这本魔导书，耕太召唤出了名为璐璐萌（三森铃子配音）的魔女。璐璐萌是一个可以实现别人愿望的魔女，但是对方必须付出生命作为交换，可是，因为违反了魔界的规定，璐璐萌被开除了魔籍，不仅契约失效，而且无家可归。善良的耕太收留了璐璐萌，就这样两个人开始了吵吵闹闹的同居生活，和他们一起的，还有璐璐萌的黑猫使魔奇洛（福圆美里配音）。热热闹闹的每一天拉开了序幕。

这是一个魔法少女的存在获得了认可的世界。一款名为《魔法少女育成计划》的游戏能够万里挑一制造出真正的魔法少女，而等待着这些幸运女孩们的，将会是万人的仰慕和光明的前途。然而，某一日，运营方忽然宣布要将魔法少女的数量削减一半，而方法，竟然是让现存的魔法少女进行残酷的竞赛。天真善良的少女白雪（东山奈央配音）、外冷内热的忍者波纹（沼仓爱美配音）、背负着巨剑的圣少女（佐仓绫音配音）、骑着扫帚大大咧咧的最高速（内山夕实配音）、百发百中的神枪手灾厄玛丽（井上喜久子配音），在这些被吉祥物法布（间宫胡桃配音）选中的魔法少女们之间，一场大战即将拉开序幕。

总有一天不论如何都要一起制作动画——上山高中动画同好会的5人向葫芦屋的甜甜圈如此起誓。她们毕业以后，分别在各自的岗位从事动画制作，并通过《第三飞行少女队》而接近了自己的梦想。4年后——。在动画的世界找到了自己的容身之所、逐渐成长起来的5人，开始面对新的苦恼和试炼。

樱井奈奈（花泽香菜配音）是一位平凡而又善良的可爱女生，某日，奈奈在网上看到了方南STRIDE部比赛的画面，被这项穿梭在大街小巷之中的运动深深吸引，产生了加入的念头。就这样，奈奈进入方南高中，加入了STRIDE部，开始了在这里的学习生活。个性阳光开朗的八神陆（木村良平配音）、沉默寡言满脑子只有STRIDE运动的藤原尊（冈本信彦配音）、外表娇小可爱却拥有强大实力的小日向穗积（小野贤章配音）、体格健壮英俊帅气的支仓希斯（小野大辅配音）、温文尔雅书卷气浓厚的门胁步（下野紘配音），和奈奈一起奔跑在路上的是这些个性迥异的社员们，面对层出不穷的对手，他们会释放出怎样的激情呢？

无法忘记在刑务所的落语慰问会中见到的大名人·八云的“死神”，出狱的与太郎径直前往寄席。拜倒在八云面前，成为他住所的雇工以及弟子，磨炼了技艺的与太郎终于升进成为真打。他所继承的名号是第三代助六。为了八云师父，为了小夏，为了改变两人心中的助六，与太郎所找到的自己的落语是……

所谓的“白箱”，是指在动画放送之前，专门制作赠送给参与了动画制作的工作人员们的录像带，其本身拥有着令人感动的悠久历史，因为这些录像带通常都被装在白色的盒子里，所以被成为“白箱”。一直坚守着自己理想的制作人宫森葵（木村珠莉配音）、个性认真但有些懦弱的原画师安原绘麻（佳村遥配音）、怀才不遇的声优坂木静香（千菅春香配音）、CG画师藤堂美沙（高野麻美配音）和容易沉迷与自身兴趣爱好的剧本作家今井绿（大和田仁美配音），五个个性迥异的女孩，朝着顺利完成白箱的梦想共同努力迈进，在这条并不轻松的道路上，会发生哪些有趣的故事呢？