故事发生在1948年，特别调查局要员俞北平（陈建斌饰）被上级调往青城，奉命调查发生在那里的命案，可实际上，俞北平的真实身份正遭到上级的调查和怀疑，他时时刻刻都处于危险之中。在青城，俞北平遇见了名为林莎（齐溪饰）的女子，身为美军中尉的她，其真实身份其实是俞北平失散多年的女儿。俞北平还有一个小女儿名为徐丹妮（朱颜曼滋饰），此时正在青城上大学的她被卷入了和已婚大学教授的不伦之恋之中无法自拔，与此同时，她和父亲之间的关系亦因为俞北平特殊的身份而陷入了僵局之中。俞北平一边要顺利完成上级交代的任务，一边要和狡猾阴险的敌人周旋，一边还要承受来自至亲的不解和误会，他陷入了苦战之中。

清朝顺治十八年，天花在皇宫蔓延，顺治帝的董爱妃因此一命呜呼，顺治因痛不欲生而决意出家。此时，清帝国充满了内隐外忧。危急之际，孝庄太后（斯琴高娃饰）当机立断，将得了天花初愈的年仅八岁的皇子玄烨力推为皇室继承人，康熙皇帝登基了。康熙（陈道明饰）即位以后，手握兵权的鳌拜以权相逼，孝庄太后为了大局也只好暂时放权让鳌拜亲政。鳌拜的野心并不止亲政，他最终目标是图谋改朝换代，少年康熙机智过人，先以终日和一班少年嬉戏放松鳌拜警惕，随后邀约鳌拜进宫而乘机将其软禁，终于为大清除了一大隐患，保住了江山。随后，康熙更是励精图治，向隐忧以久的三藩开刀，开始一段除乱安内的康熙之治！