高町奈叶（田村由香里配音）是一位平凡的高中三年级学生，某日，在上学的路上，她同来自异世界米德其路达的尤诺（水桥香织配音）相遇了。尤诺告诉奈叶，她正在寻找遗落人间的太古遗产“圣石之种”，这种珍贵的宝物蕴藏着巨大的能量，如果弃之不顾有可能在人间界造成巨大的破坏，接二连三的波折之后，奈叶成为了帮助尤诺回收种子的魔法少女，开始了一段充满了危险和刺激的奇幻旅程。某日，一位名叫菲特（水树奈奈配音）的金发少女出现在了奈叶的面前，她和奈叶一样同为回收种子的魔法少女，也就是说，她们的关系是竞争者。奈叶能够打败这样一位强劲的对手吗？对于菲特来说，温柔而又努力的奈叶又是一种怎样的存在呢？

只有午夜零时才能访问的「地狱通信」，如果把怨恨写信投递的话,地狱少女将会出现,将你所怨恨之人打入地狱的深渊。在街头巷尾流传的传言实际上却有其事。她的名字叫做阎魔爱，平时并不是很起眼的少女，一旦与憎恨的感情相共鸣时，就会变身成为地狱少女。但是，这里有传说中未曾提到的，与少女的契约“诅咒别人是双重的，再把对方送进地狱的同时，你的灵魂在死后也会进入地狱，尽管这样也无所谓吗？”