该剧以潜伏于军统内部的共产党员风筝的人生与情感经历为主线，讲述一个共产党情报员坚守信仰的故事。

本剧包括《听风》、《看风》和《捕风》三篇。第一篇《听风》故事发生在解放初期，国家秘密机构701成员安在天（柳云龙）费尽千辛万苦找来有超常听觉天赋的瞎子阿炳（王宝强），让他协助政府找出在台国民党与其在大陆的残余势力联络的电台，以便掌握情报将他们一一歼灭。第二篇《看风》故事发生在1960年代初，留过洋的爱国数学天才黄依依（陈澍）因为迷上安在天，随他来到701为国家破译密码，其个性也因环境的改变发生变化。第三篇《捕风》故事发生在1930年代的上海，潜伏在国民党内的共产党员、安在天的父亲钱之江（柳云龙）为了将事关同仁生死存亡的情报及时送出，斗智斗勇与众国民党人士展开斡旋。

重庆军统王牌特工郑耀先，以狡黠机智和心狠手辣闻名。郑耀先其实就是潜伏在军统的共产党特工“风筝”，为了确保“风筝”像一把尖刀始终刺在敌人的心脏上，在最关键时刻给国民党致命一击，郑耀先不得不成为自己同志眼中人人得以诛之的军统六哥。上线的牺牲让他和组织失去了联系，解放后他化名国民党留用人员周志乾，以一种独特的方式继续为组织提供重要情报。在自己“风筝”的身份被组织证实后，他仍然以隐蔽的方式，协助公安局破获多起潜伏特务。在三十多年的情报员生涯中，他被敌人长期追杀，忍受着妻离子散。对他来说，情报员本身就意味着牺牲，而一个人能有资格为国家牺牲，就是对自身价值的最好证明。

1941年，太平洋战争前夕。世界局势动荡不安，新一轮大战一触即发。各国势力汇集魔都上海，暗流涌动，危机四伏。中共通过潜伏在日本高层中的共产党尾崎秀实，得到日军即将发动袭击珍珠港的计划，代号“东风，有雨”。经满铁高官中西正弘（三浦研一饰）、中共情报人员安明（柳云龙饰）之手，情报送往重庆，但珍珠港依然遇袭，太平洋战争旋即爆发。在此之后，日方抓获军统情报人员，并得知尾崎秀实和中共的关系。尾崎遇害，中共情报小组的交通员（王宝强饰）、报务员（刘璇饰），安明一组渐渐和组织失去联系。这时，一枚藏有日本政府重大秘密的胶卷辗转来到上海。各方势力为此展开新一轮的明争暗斗……