伊里达游太（井上麻里奈配音）只是一个平凡的高中男生，沉默寡言而又不露声色。一场意外之中他竟然灵魂出窍，就此来到了名为古来馆的公寓之中。为了找回肉身，游太必须找到隐藏在公馆之中的圣典，就这样，小小的一幢公寓成为了游太的整个世界。呆萌可爱的当红偶像成木野美香丹（雨宫天配音）、整天宅在家里沉迷于游戏之中的曳尾谷爱（寿美菜子配音）、其貌不扬却身为超级黑客的台初明香（钉宫理惠配音）、虽然身为灵媒师却不相信幽灵存在的秩父拉布拉（户松遥配音），居住在古来馆的，是这些个性迥异稀奇古怪的房客们。在寻找圣典的同时，游太那神秘的过去也渐渐浮出了水面。

面积占东京都西部1/3、人口超过230万、八成以上由学生组成的学园都市，尖端科技发展迅速，超能力开发已经深入到城市的各个角落。超能力水平高达Level5的御坂美琴（佐藤利奈配音）如往常一样和初春饰利（丰崎爱生配音）、白井黑子（新井里美配音）等好友过着平凡的日子，间或热血爆发挫败各种扰乱城市的阴谋。某天，在调查一起现今卡事件时她邂逅了长点上机学园的布束砥信（叶山郁美配音），从而得知用美琴的DNA大批量复制超能力者的“量产型能力者计划”。不安定的气氛在都市角落肆意蔓延……本片为镰池和马（原作）、冬川基（作画）的原作《魔法禁书目录》的外传漫画第二季TV动画。