高中生四月一日君寻（福山润配音），有着异于常人的体质，他可以看到并且吸引各种鬼怪。他的好友百目鬼（中井和哉配音）也是特殊能力者，有驱除妖魔的能力。在命运的牵引下，四月一日在壹原侑子（大原沙耶香配音）的店里打工。这是一家可以帮人实现任何愿望的店，但是委托人必须付出对等代价。不久后，四月一日结识了一个少女灵能力者，五月七日小羽。一天夜里，百目鬼的爷爷遥先生进入四月一日的梦中，委托四月一日帮自己找五件东西。因此四月一日便来到了百目鬼家中，和百目鬼一同到仓库处寻找“书虫”。他们在寻找的过程，遇到各种怪事，这一切究竟是现实，还是梦境……曾经的四月一日总是独自一人，然而他发现，经历了这一切之后，不仅自己发生了变化，身边的人也发生了改变。

2006年，为配合NDS版（钻石、珍珠版）的上市，TV动画同步推出全新系列《神奇宝贝钻石&珍珠》（PokémonDiamond&Pearl，简称DP）。对战开拓区篇结束后，小遥为了独自挑战城都地区的华丽大赛和小智告别，小胜回到了橙华道馆，小刚也回家去了。小智则受到了小茂的激励，独自带着皮卡丘和偷渡的长尾怪手前往神奥地区挑战联盟。新登场的女主角小光，其蓝本取自电玩NDS版。为了成为顶尖协调训练家，小光从家乡双叶镇来到了位于真砂镇的山梨研究所领取最初的神奇宝贝。而同一时间，小智也抵达神奥地区，并在那里和小刚再度会合。机缘巧合，小光救了被火箭队抓走的皮卡丘，三人就一同结伴旅行，展开了新的旅程。《神奇宝贝珍珠&钻石》每周四在日本首播。台湾也由中视进行转播，网络上能够找到前105集的国语配音。